pH值的稳定性
水体pH值是衡量其酸碱性的关键指标，通常范围在6.5至8.5之间。pH低于6.5表明水体偏酸，而高于8.5则偏碱。如果pH值波动过大，会对水生生物造成极大影响。例如，鱼类和其他 aquatic 生物都有最适宜的pH范围，如果环境变化超过这个范围，将会导致它们无法正常生活甚至死亡。此外，对人类来说，饮用过度酸或碱的水也可能对健康产生负面影响。
氮、磷含量控制
氮和磷是植物生长所必需的营养元素，但过多的氮和磷会促进藻类生长，从而引发藻 bloom，这种情况下可见大量浮游植物迅速繁殖并漂浮在表层，使得光照被遮挡，对底层生物活动不利，同时还可能导致氧气减少。因此，在自然环境中需要通过合理使用肥料来控制氮、磷水平，以保持良好的营养平衡。
水温管理
不同类型的微生物和动物都有各自适应特定的温度区间。在一定温度范围内，它们可以进行有效代谢过程。如果温度超出这个范围，则这些生物将面临压力或者完全灭绝。例如，一些淡水鱼类如金鱼非常敏感，其最佳存活温度为22℃左右，而热带鱼则更喜欢25℃以上。但对于某些细菌，如厌氧菌，它们能够在较低温下进行分解作用，因此了解并维持适当的温度对于整个生态系统都是至关重要。
营养盐浓度
营养盐主要包括钙、镁、硼等矿物质，以及钠、钾等电解质，它们参与各种生命活动，如细胞膜结构形成以及神经信号传递等。在自然界中，营养盐浓度需要保持相对稳定，因为它直接关系到微生物群落结构及其功能。而人工处理或污染因素可能导致这些元素发生异常变化，从而破坏了原有的微观世界平衡。
悬浮物含量控制
悬浮物即粒径小于0.45毫米的小颗粒，如泥土颗粒、二次沉降颗粒等，这些小颗粒可以阻塞光线穿透深海，也能吸收溶解氧，并且增加难以消化吸收的事实上并不具备任何实际价值。这意味着悬浮物增加了排除工作量，同时也使得许多组织无法获得足够光合作用机会。这一点尤其是在流域改造后特别要注意，因为人类活动常常引起大量悬浮材料进入河流，使得河床形状改变同时也加剧了污染问题。
